O combate ao analfabetismo foi um dos principais motivos que levou Henriques Nogueira a desenvolver as suas ideias no campo educativo. Foi um grande defensor da divulgação do ensino das "primeiras letras" através das "escolas locais" e "escolas de adultos", como base de outros níveis de ensino e de combate à ignorância. Foi, igualmente, defensor de um ensino popular, privilegiando-se algumas ideias inovadoras, o que demonstrava ser um homem muito "à frente do seu tempo":
- A defesa de um ensino nocturno para os adultos.
- A defesa e criação de Bibliotecas e Museus como suporte do sistema educativo.
- A ideia da criação de "Bibliotecas Populares".
- Defesa de um sistema de ensino obrigatório e gratuito.
- Criação de Jardins de Infância ("asilos infantis")
- Valorização de um ensino parático, como o "ensino industrial" e o "ensino agrícola", com o objectivode dar uma formação prática e básica aos que não pretendessem ter estudos superiores.
- Defesa da formação contínua ("cursos normais").
- Importância dada aos vários níveis de ensino, à educação física e musical.
- Ideia de usar todos os recursos existentes na sociedade para resolver a falta de professores em quantidade suficiente para pôr em prática a generalização do ensino: recurso às mulheres, aos párocos, aos funcionários administrativos e inclusive "alunos monitores".